Apela tu licencia médica rechazada
Te rechazaron o redujeron la licencia y quedaste sin sueldo. Responde 4 preguntas y genera la apelación con el organismo correcto, plazo exacto y la estrategia probatoria para el motivo específico del rechazo.
Común: enfermedad no relacionada con el trabajo. Laboral: accidente o enfermedad de origen laboral (Ley 16.744).
La apelación se rige por el DFL N° 44/1978, DS N° 3/1984 y, para origen laboral, por la Ley 16.744. Los plazos de esta herramienta son referenciales; verifica la resolución de rechazo específica para saber el organismo exacto y su plazo particular. En rechazos por incompatibilidad grave, consulta con abogado antes de apelar.
¿Quién rechaza la licencia?
El sistema chileno de licencias médicas es complejo. Confundir el organismo que rechaza es el primer error que hunde una apelación: la carta llega al lugar equivocado, se pierde el plazo y el trabajador se queda sin subsidio. Antes de escribir una sola línea de apelación, hay que ubicar exactamente qué organismo dictó la resolución de rechazo.
En Fonasa, la autoridad que autoriza o rechaza es la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) de la región respectiva. La COMPIN depende de la Secretaría Regional Ministerial de Salud y su decisión se apela primero ante ella misma y luego, si el rechazo se confirma, ante la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO).
En Isapre, cada aseguradora tiene su propia unidad médica que revisa las licencias. La decisión de la Isapre se apela directamente ante la SUSESO, sin instancia intermedia. La SUSESO es el organismo estatal que, entre otras funciones, revisa las decisiones de las Isapres en materia de licencias.
En licencias de origen laboral (accidente del trabajo o enfermedad profesional), el organismo administrador es la Mutualidad respectiva (ACHS, Mutual de Seguridad, IST) o el Instituto de Seguridad Laboral (ISL) si tu empleador no está afiliado a mutualidad. La apelación va directo a SUSESO con plazo de 90 días hábiles.
Origen común vs origen laboral
La distinción es crítica para el subsidio, la carencia y la vía de apelación. La ley trata muy distinto a las licencias según su origen.
Origen común. Cubre enfermedades no relacionadas con el trabajo. Se rige por el DFL N° 44/1978 y el DS N° 3/1984. Hay carencia de 3 días para licencias menores a 11 días: se paga desde el 4° día. Si la licencia es de 11 días o más, se pagan todos los días desde el primero. El subsidio equivale al promedio de rentas imponibles de los últimos 3 meses, con tope de 90 UF. La cubre Fonasa o la Isapre según tu previsión de salud.
Origen laboral. Cubre accidentes del trabajo, accidentes de trayecto y enfermedades profesionales. Se rige por la Ley 16.744. No tiene carencia: se paga desde el primer día. El subsidio equivale al 100% de la remuneración promedio de los últimos 3 meses. La cubre la Mutualidad o el ISL. Los rechazos se apelan a SUSESO con plazo de 90 días hábiles.
Los 5 motivos frecuentes de rechazo
Con datos oficiales, SUSESO recibió más de 185.000 reclamos en 2023 y cerca del 73% correspondió a licencias médicas (cerca de 135.000 anuales solo por licencias). La tasa de rechazo en 2025 rondó el 6,9% del total autorizado, y 5 motivos concentran la mayoría de los rechazos.
- Enfermedad no acreditada. El diagnóstico o los antecedentes clínicos son considerados insuficientes. Es el motivo más común. Suele revertirse con un informe médico complementario específico.
- Reducción de días. Se autoriza menos días que los solicitados por el médico tratante. La discusión suele ser sobre la duración necesaria del reposo.
- No procede reposo. La entidad estima que la patología no requiere reposo laboral, aunque sí tratamiento ambulatorio. Se apela justificando la incompatibilidad con las funciones específicas.
- Fuera de plazo. La empresa o el trabajador no ingresó la licencia dentro del plazo legal (2 días hábiles para dependiente, 3 para independiente). Difícil de revertir salvo fuerza mayor probada.
- Incompatibilidad con actividades. Se detectan actividades incompatibles con el reposo durante el período. Requiere respuesta muy documentada y puede tener implicancias penales si hay fraude.
Plazos por organismo
Los plazos son distintos según qué organismo rechazó y adónde vas a apelar. Perder un plazo cierra la vía.
- COMPIN (Fonasa): 15 días hábiles para apelar ante la propia COMPIN o pasar a SUSESO según la resolución.
- Isapre: 15 días hábiles para apelar. La vía siguiente es SUSESO.
- SUSESO en segunda instancia común: plazo del acto administrativo respectivo, típicamente 30 días desde la notificación.
- SUSESO en origen laboral (Ley 16.744): 90 días hábiles desde la notificación del rechazo por la Mutualidad o el ISL.
Todos son días hábiles: de lunes a viernes, excluidos festivos. La cuenta empieza desde el día hábil siguiente al de la notificación.
Estrategia probatoria por motivo
La apelación se gana con evidencia dirigida al motivo específico del rechazo. Un escrito general de queja tiene baja probabilidad de éxito. La estrategia depende del motivo:
- Contra rechazo por enfermedad no acreditada: informe médico complementario con diagnóstico CIE-10, evolución, resultados de exámenes e interconsultas. El médico tratante puede emitir un informe específico para la apelación.
- Contra reducción de días: justificar por qué la duración total es indispensable. Aporte de exámenes de seguimiento, informe del médico tratante y evidencia de la evolución.
- Contra rechazo por “no procede reposo”: describir con precisión las funciones que realizas y por qué son incompatibles. Informe médico específico sobre la incompatibilidad.
- Contra rechazo por fuera de plazo: acreditar fuerza mayor. Hospitalización, gravedad del cuadro, imposibilidad material de gestionar la licencia oportunamente.
- Contra rechazo por incompatibilidad: si la actividad era compatible médicamente (rehabilitación, actividad terapéutica), acreditarlo con informe. Si las imágenes eran erróneas, prueba en contrario.
El subsidio que pierdes
Mientras el rechazo esté vigente, no se paga el subsidio por incapacidad laboral (SIL). Para muchos trabajadores, eso significa quedarse sin sueldo durante semanas o meses. La estimación del subsidio perdido ayuda a dimensionar la urgencia de apelar y priorizar la evidencia clínica.
Fórmula referencial de origen común: promedio de la renta imponible de los últimos 3 meses dividido en 30 y multiplicado por los días subsidiables. Los primeros 3 días de licencias menores a 11 días son de carencia y no se pagan. Para origen laboral no hay carencia.
El tope del subsidio es 90 UF por mes. Sobre esa base, si tu renta imponible es de 1,2 millones y la licencia es de 20 días, el subsidio bruto ronda los 800 mil pesos para origen común y algo más para origen laboral.
Preguntas frecuentes
¿Quién rechaza mi licencia médica: mi jefe, Fonasa o la Isapre?
Ninguna licencia la rechaza tu empleador (no tiene facultad para hacerlo). En Fonasa el rechazo lo hace la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) de tu región. En Isapre, la propia Isapre a través de su unidad médica. En licencias de origen laboral (accidente del trabajo o enfermedad profesional), el rechazo lo hace la Mutualidad de Empleadores (ACHS, Mutual de Seguridad o IST) o el Instituto de Seguridad Laboral (ISL) según corresponda.
¿Ante quién apelo el rechazo?
Si eres beneficiario de Fonasa, apelas ante la propia COMPIN dentro de 15 días hábiles, aunque en muchas resoluciones la vía siguiente es directamente la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO). Si estás en Isapre, apelas primero ante la Isapre y luego ante SUSESO (que revisa las decisiones de las Isapres en materia de licencias). Para origen laboral, la apelación va directo a SUSESO con plazo de 90 días hábiles.
¿Cuánto tiempo tengo para apelar?
El plazo depende del organismo. Ante la COMPIN de Fonasa, 15 días hábiles desde la notificación de la resolución. Ante la Isapre, 15 días hábiles. Ante SUSESO (segunda instancia común o primera instancia laboral), 90 días hábiles para origen laboral, según Ley 16.744. En todos los casos los días hábiles son de lunes a viernes, excluyendo festivos.
¿Cuáles son los motivos más comunes de rechazo?
Cinco motivos concentran la mayoría de los rechazos: (1) enfermedad no acreditada o diagnóstico dudoso; (2) reducción del número de días; (3) rechazo porque no procede el reposo (la entidad cree que puedes trabajar con tratamiento ambulatorio); (4) presentación fuera de plazo por el empleador o el trabajador; (5) incompatibilidad con actividades desarrolladas durante el reposo. Cada motivo requiere una estrategia probatoria distinta.
¿Sirve de algo apelar o siempre rechazan de nuevo?
La tasa de reversión en SUSESO no es marginal: parte importante de las apelaciones bien fundamentadas prospera. La clave es responder con evidencia clínica dirigida al motivo específico del rechazo, no con una queja general. Los rechazos por diagnóstico dudoso son los más fáciles de revertir con un informe médico complementario. Los rechazos por incompatibilidad de actividades son los más difíciles.
¿Qué subsidio recibo mientras dura la licencia?
Se llama Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL) y equivale al promedio de tu renta imponible de los últimos 3 meses, con tope de 90 UF. Para licencias de origen común menores a 11 días, se pagan solo los días desde el 4° (los 3 primeros son de carencia). Para licencias de 11 días o más, se pagan todos los días desde el primero. Las licencias de origen laboral (Ley 16.744) pagan desde el primer día siempre.
¿Mi empleador tiene que aceptar la licencia mientras dura la apelación?
El empleador está obligado a recibir la licencia y respetar el reposo mientras esté vigente. No puede pedirte que trabajes ni descontarte los días. Si te despide durante la licencia por causal del Art. 161 (necesidades de la empresa), el despido es prohibido por ley y da lugar a la readmisión con pago de sueldos. Solo puede despedir por causal grave del Art. 160, y con antecedentes probados.
¿La Ley 21.746 sobre licencias médicas cambió algo económico?
No. La Ley 21.746 (mayo 2026) modernizó la fiscalización y estableció la obligatoriedad progresiva de la licencia médica electrónica, además de sanciones más estrictas para uso indebido. No cambió los montos del subsidio ni las reglas de carencia. Los cambios recientes son principalmente de gestión.
Fuentes legales
- DFL N° 44/1978 (subsidio por incapacidad laboral). bcn.cl
- DS N° 3/1984 (Reglamento de licencias). bcn.cl
- Ley 16.744 (accidentes y enfermedades profesionales). bcn.cl
- SUSESO — Reclamos y apelaciones. suseso.gob.cl
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